莫采石(巫刚 饰)怎么也想不到自己日夜守护的五九档案会不翼而飞。当莫采石从哈金斯那里回到警察厅，打开保险柜不见了五九档案，他惊恐万分。
这时，程慈航(乔振宇 饰)打电话要见他，莫采石看到程慈航手中赫然拿着那个装着五九档案的铁匣子。程慈航指责因为莫采石的愚忠，隐瞒了五九档案，造成许许多多无辜的人为此失去生命，特别是欧阳倩(安以轩 饰)寻找五九档案的目的在于将之公布于众，以惩罚日本战犯。程慈航指出从一开始就是莫采石围绕五九档案设的骗局，目的在于给蒋介石政府和美国人谈判增加一张筹码。莫采石看程慈航把整个过程分析得清清楚楚，以保护程慈航为由，解释隐瞒五九档案的原因。程慈航感激莫叔叔能替自己着想，但是，五九档案是日本侵略者在战争中用中国人做活体实验的罪证，用五九档案为筹码和美国人谈判无异于汉奸行为。程慈航劝说亲临过抗日战场而无所畏惧的莫采石想一想日寇的侵略暴行，劝莫采石要以民族大义为重，把五九档案交给远东国际法庭，将日寇罪行公之于众。莫采石陷入深深的思索中，程慈航告诉莫采石，他精心守护的五九档案不见得是真的，也可能是蒋介石舍车保帅的一个赝品。莫采石仔细回忆和五九档案相关联的每个细节，他终于明白，蒋介石早就派人把五九档案调过包了。程慈航看到莫采石已有悔意，跪在地上请求他成全自己“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的民族大义，帮助自己夺回五九档案。程慈航这番慷慨陈词、铿锵有声的言语，深深打动了莫采石，莫采石找到了作为中国人的良心。他把视为生命的中正剑转交给程慈航，然后，莫采石通知哈金斯来看五九档案，借机把哈金斯抓了起来，他要给程慈航争取宝贵的时间。自知无法交差的莫采石最后在办公室自杀身亡，一代将星陨落。
这边，中田(任大为 饰)命令小野紧跟程慈航，必须找到五九档案。
程慈航手捧中正剑，拿着总裁手谕，进入灵谷寺藏经阁，以美国特使飞机就要起飞为由，阻止宪兵打电话向上峰求证，然后取出五九档案。
霍然(屈刚 饰)得知莫采石自杀的消息，知道程慈航将往藏经楼寻找五九档案，他准备组织警力强行阻止程慈航。霍蜜儿(郭晓婷 饰)听到爸爸打的电话，意识到程慈航会有危险，为了程慈航，她控制住爸爸霍然，逼着司机把车开往灵谷寺。
霍蜜儿看到程慈航抱着铁匣子走了出来，连忙让司机停车。霍蜜儿刚刚下车，一直关注程慈航行踪的中田就命令手下开枪，方捷(张天霖 饰)和锦线弟子慌忙抵抗。混乱中，中田抓住了霍蜜儿，以此要挟程慈航把五九档案交出来。程慈航答应中田，可以把五九档案交给他，但是必须放了霍蜜儿。程慈航放下铁匣子，狡猾的中田把霍蜜儿打翻在地，捡起箱子冲着程慈航扣动扳机，没成想子弹已经打光了，众人立即围住了中田。国仇家恨，程慈航要亲手杀了中田。他仿佛看到了小玉和欧阳倩等人惨死的景象，每一拳每一脚都充满仇恨的力量，暴揍中田口吐鲜血而亡。程慈航赶忙跑到霍蜜儿身边，一贯任性的霍蜜儿此时越来越虚弱，偎依在程慈航怀里慢慢地闭上了那双美丽的眼睛。
一九四六年五月三日，远东国际法庭，五九档案作为不可或缺的有力证据，揭露了日本军国主义犯下的滔天罪行，伸张了和平与正义。